Kütle Spektrometresi Terimleri
Mass Spectrometry (MS) teknolojisinde kullanılan IUPAC tarafından önerilen terimlerin ve tanımların kısa bir listesi.
API : Atmospheric Ionization.
APCI : Atmospheric Chemical Ionization.
Atomic Mass : Bir atomun veya izotopun kütlesi genellikle dalton cinsinden ifade edilir.
Atomic Number : Atom çekirdeğindeki protonların sayısı.
Average Mass : Her elementin göreceli ortalama izotopik kütlesi kullanılarak hesaplanan bir iyon kütlesi. (Burada C = 12.0111, H = 1.00797, O = 15.9994, vb.).
Base Peak : En büyük yoğunluğa sahip m / z değerine karşılık gelen bir kütle spektrumundaki zirve.
BPI : Base Peak Intensity.
CID : Collision Induced Dissociation.
CVF : Cone Voltage Fragmentation.
Dalton : Atomik kütle birimi (akb) ya da dalton (Da) olarak adlandırılır. Atom ve moleküllerin kütlelerini hesaplamak için kullanılır. Bir karbon12 (C12) atomunun kütlesinin tam olarak 1/12’sine eşittir.
DDA : Data-Directed Analysis.
Dead Time : Enstrüman için veri toplama sistemi, bir zamana dijital dönüştürücüdür (TDC / time-to digital converter ). İyon varış zamanlarını bir histogram belleğinde depolayarak bir kütle spektrumu üreten iyon sayma sistemidir. İyonun TDC’ye varışından ve kaydedilmesinden sonra, bir sonraki iyon varışının kaydedilebilmesi için minimum bir zaman aralığı vardır. Bu aralığa TDC’nin “ölü zamanı” adı verilir ve 5 nanosaniye kadardır.
Desolvation : Çözücü bileşenini uzaklaştırmak için bir nebülizör (veya püskürtülmüş) numunenin kurutulması işlemi.
DXC™ : Dinamik harici kalibrasyon. Bir uçuş süresi (time-of-flight) kütle spektrometresinde, laboratuarın sıcaklığı değişirse, tespit edilen bir tepenin kütle konumu, uçuş borusunun genişlemesi nedeniyle de değişir. Bu değişimi telefi etmek için kullanılan teknolojidir.
EPC : Gömülü (embedded) bilgisayar; Kontrol bilgisayarına ve cihaz elektroniğine bağlanan enstrümanın içindeki bilgisayar.
EPCAS : Embedded Personal Computer Acquisition System. Gömülü Kişisel Bilgisayar Edinme Sistemi.
ESI : Electrospray Ionization.
Experiment File : MS yöntemi editörü tarafından oluşturulan yöntem dosyası.
FWHM : Full Width at Half Maximum.
GFP : Glu1-fibrinopeptide B.
HPLC : High Performance Liquid Chromatography.
Ion : Bir atom veya bir atom grubu, bir veya daha fazla elektron kazanarak veya kaybeden bir net elektrik yükü elde etmiştir.
Isotope : Aynı atom numarasına sahip ancak farklı atomik kütlelere sahip iki veya daha fazla atomdan biri.
Isotopic Abundance : Aynı elementin farklı kütlelerle doğal dağılımı: 12C-12.0000 =% 98.89, 13C = 13.0034 =% 1.1.
LED : Light-Emitting Liode.
LC : Liquid Chromatography (Likit kromatografi).
MALDI : Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization (Matris Destekli Lazer Desorpsiyon İyonizasyonu).
MCP : Multichannel plate (ion collector). Çok kanallı plaka (iyon toplayıcı).
MRM : Multiple Reaction Monitoring. Çoklu Reaksiyon İzleme.
MSE : Prekürsör ve fragment iyonlarının aynı anda analiz edilmesini sağlayan paralel bir parçalanma veri toplama modu.
Nebulization : Örnek solüsyonun sprey olarak da adlandırılan kaynakta ince bir buğu haline dönüştüğü süreç.
Nominal Mass : Her elementin en bol izotopunun tamsayı kütlesi (kütle defekti ihmal edildiğinde H = 1, C = 12, O = 16 ve benzeri verilir) kullanılarak hesaplanan bir iyon kütlesi. Ayrıca bkz. Monoizotopik kütle.
oa-TOf : Orthogonal Acceleration Time-of-Flight.
Operate Mode : Yüksek voltajların açık olduğu gösterge modu. Bu modda veriler elde edilebilir. Enstrüman bu modda bırakılabilir.
Penning Gauge : Turbomoleküler pompaların çalışma aralığı olan yaklaşık 10-3 ila yaklaşık 10-8 mbar arasındaki basınçları ölçmek için kullanılır.
Piranni Gauge : Ölçü aleti yaklaşık atmosferik basınçları, kaba yıkama pompalarının (rotary and scroll) çalışma aralığı olan yaklaşık 10-3 mbar ölçmek için kullanılır.
Sample List : Örneklerin çalışılabilmesi için gerekli tüm parametrelerin (MS yöntemi, giriş, ayar vb.)
Standby Mode : Yüksek voltajların kapalı olduğu cihaz modu. Bu modda veri elde edilemez.
TDC : Time-To-Digital Converter.
TIC : Total Ion Count. (Toplam İyon Sayısı)
TOF : Time-Of-Flight. (Uçuş süresi)
UPLC® : Ultra Performance Liquid Chromatography. (Ultra Performanslı Sıvı Kromatografisi)
Accurate mass : Bilinen bir yükün iyonunun deneysel olarak belirlenmiş kütlesi. Elemental kompozisyonu hem ölçüm hassasiyeti hem de hassasiyet tarafından tanımlanan sınırlar içinde belirlemek için kullanılabilir. Accurate mass ve exact mass eşanlamlı değildir. Accurate mass, ölçülen bir kütleye ve exact mass ise hesaplanmış bir kütleye işaret eder. Ayrıca bkz. exact mass.
AQUA – Absolute Quantitation of Proteins (Proteinlerin Mutlak Kantifikasyonu) : Kimyasal olarak sentezlenen izotop etiketli peptidleri kütle spektrometresi için internal standartlar olarak kullanarak meydana getilen proteolitik peptitler üzerindeki ölçümler yoluyla proteinlerin mutlak miktarlarının tespiti için kullanılan yöntem.
API – Atmospheric Pressure Ionization
Atomik basınçta atomların veya moleküllerin iyonlarının oluştuğu iyonlaşma süreci.
Atmospheric pressure ionization is not a synonym for atmospheric pressure chemical ionization.
APCI – Atmospheric Pressure Chemical Ionization
63Ni gibi bir atmosferik basınç korona deşarjı veya beta yayıcı kullanarak, bir gaz veya nebülize sıvı olan bir numunenin kimyasal olarak iyonlaşması.
CID (and CAD) collision-induced dissociation (and collisionally activated dissociation)
Çarpışma uyarımından sonra bir iyonun ayrılması.
Not: Çarpışma ile indüklenen ayrışma (CID) ve çarpışmada aktif dissosiyasyon (CAD) terimleri birbirinin yerine kullanılabilir.
CRM – Consecutive Reaction Monitoring (Ardışık Reaksiyon İzleme)
Ardışık parçalanma ürünlerinin veya bimoleküler reaksiyonların algılanması için seçildiği üç veya daha fazla m / z ayrıştırma aşamasına sahip çok aşamalı kütle spektrometresi deneyi. Ayrıca bkz. Çoklu reaksiyon izleme (Multiple Reaction Monitoring).
DDA – Data-Dependent Acquisition
Bir taramada m / z değerleri kaydedilen sabit sayıda öncü iyonların önceden belirlenmiş kurallar kullanılarak seçildiği ve bir MS / MS analizinde kütle seçiminin ikinci aşamasına tabi tutulduğu, tandem kütle spektrometrisindeki veri toplama modu.
DE – Dynamic Exclusion
Kompleks karışımların tekrarlanan kromatografi-tandem kütle spektrometri analizlerinde çarpışmaya bağlı dissosiyasyon (collision-induced dissociation) için özdeş prekürsör iyonlarının tekrar seçilimlerini en aza indirgemek için kullanılan yazılım metodu.
Ayrıca bakınızı data-dependent acquisition.
ECD – Electron Capture Dissociation
Protonlanmış moleküllerin çarşıpma ile düşük enerjili elktronlarla etkileşime girdiği ve ardından parçalanması sürecidir. Çiftli elektron katyonuyla [M + nH] n + bir elektronun yakalanması, enerjiyi serbest bırakır ve şarj durumunu düşürür. Böylece kolayca parçalanan yerini tutan [M + nH] (n-1) + • tekli elektron iyonu üretilir. ECD’de, çoğaltılmış yüklü iyonların düşük enerjili elektronlar (<0.2 eV) ile radyasyon a maruz bırakılarak radikal yollarla yönlendirilen yol boyunca ayrışan yükü azaltılmış türler üretir.
ETD – Electron Transfer Dissociation
Protonlanmış moleküllerin çoğaltılması nispeten düşük elektron ilgisine sahip bir anyondan bir elektronu kabul ettiği süreç. Elektronun yakalanması, enerjinin serbest bırakılmasına ve iyon şarjında bir azalmaya yol açar ve çarpışmaya bağlı ayrışma ile kolaylıkla parçalanmış olan [M + nH] (n-1) + • tek elektron iyonu üretimi ile sonuçlanır. Ayrıca bkz. Elektron yakalama ayrılması (ECD – electron capture dissociation )
ESI – Electrospray Ionization
Elektrosprey, kılcal borudan geçen ve zayıf akışa sahip bir sıvının kuvvetli bir elektrik alanı uygulayarak üretilir. Çözeltideki katyonların veya anyonların oluşması yoluyla gaz fazına aktarıldığı püskürtme iyonlaştırma işlemi ve çözeltiyi içeren elektrospray iğnesinin ucu ve bir karşı elektrot arasında bir potansiyel farkın uygulanmasından kaynaklanan yüksek şarjlı damlacıkların akışının atmosfer basıncında desolvasyonu. Hem küçük hem de büyük moleküller için verimli bir yöntemdir. ESI’da proteinler denatürasyon olmaksızın iyonize edilebilir. Kovalent olmayan, reseptör kovalent, reseptör ligand kompleksleri bozulmadan kalır.
Exact Mass
Belirtilen izotopik bileşime sahip bir iyonun veya molekülün hesaplanan kütlesi. Ayrıca bkz. Accurate mass.
GC-MS (veya GC/MS) Gas Chromatography-Mass Spectrometry (veya Gas Chromatography/Mass Spectrometry)
Bir karışımın gaz kromatografisiyle ayrı ayrı bileşenlerine ayrılması, ardından bir kütle spektrometresi ile saptama tekniği.
ICP-MS – Inductively Coupled Plasma-Mass Spectrometry
İndüktif olarak eşleştirilmiş plazma (ICP) ve Kütle spektrometresi (MS) ünitelerinden oluşan analitik cihaz. Analiz edilecek örnekler ICP de iyonlaştırılır ve kütle spektometresine gönderilir. Burada kütle/yük (m/z) oranlarına göre ayrılarak ölçüm gerçekleştirilir. ICP-MS çözeltide iz element derişimlerinin belirlenmesinde uygundur.
Teknik, bir dizi metal ve bir çok nonmetale karşı oldukça duyarlıdır ve izotop dağılımları hakkında bilgi sağlar.
IT – Ion Trap
Tek başına veya kombinasyon halinde elektriksel ve manyetik alanlar kullanarak mekansal sınırlı iyonlar için cihaz.
iTRAQ – Isobaric Tag For Relative and Absolute Quantitation
Değişken kütleli etiketlerle protein sindiriminden elde edilen peptidlerin N-terminus ve yan zincir aminlerinin kovalent etiketlenmesine dayanan, proteomikte göreli veya mutlak nicelik için kullanılan kimyasal etiketleme reaktifleri.
IDMS – Isotope Dilution Mass Spectrometry
İzotopik olarak zenginleştirilmiş bir bileşenin, yerine geçen bir iç standart olarak kullanıldığı nicel kütle spektrometresi tekniği.
IRMS – Isotope Ratio Mass Spectrometry, Stable Isotope Mass Spectrometry
Bir kütle spektrometresi kullanarak bir materyaldeki bir elementin farklı izotoplarının nispi bolluklarının ölçülmesi ve çalışılması.
Isobar (in mass spectrometry)
Aynı nominal kütleli fakat kesin kütleleri farklı atom veya moleküler türler. Isobaric iyonlar, hepsi elektrik yükü taşıyan izobarlardır.
LIT – Linear Ion Trap
İyonların eksenel boyutta statik bir elektrik potansiyeli ile sınırlandığı iki boyutlu Paul iyon tuzağı.
LC-MS (or LC/MS) Liquid Chromatography-Mass Spectrometry (or liquid chromatography/mass spectrometry)
Bir analit karışımının, sıvı kromatografi (genellikle yüksek performanslı sıvı kromatografisi) ile ayrı ayrı bileşenlerine ayrılmasını takiben bir kütle spektrometresi ile kütelerini saptama tekniği.
Lock Mass
Analiz edilecek olan numune ile birlikte, iyon kaynağına verilen ve enstrümantal sürüklenmeden kaynaklanan m / z kaymalarının düzeltilmesi ile gerçek zamanlı analiz esnasında yeniden kalibre edilebilecek uygun bir standart bileşenden türetilmiş m / z değeri bilinen standart kalibrasyon çözeltisi.
Monoisotopic Mass
Her bir elementin en bol izotopunun kütlesi kullanılarak hesaplanan bir iyonun veya molekülün tam kütlesi.
Ayrıca bkz. Accurate Mass.
MS – Mass Spectrometry
Kütle spektrometrelerini; kütle, yük, yapı ve / veya fiziko-kimyasal özellikleri ile karakterize eden gaz fazlı iyonları oluşmak yoluyla maddelerin çalışıldığı sistemler.
Not: Kütle spektrumunda bağımsız değişken, kütle yerine m / z’dir.
MS/MS – Mass Spectrometry/Mass Spectrometry, Tandem Mass Spectrometry
Seçilen product iyonların veya precursor iyonların m/z değerlerinin belirlenerek kantitatif analiz yapılabilen sıralı kuadropole sistemleridir.
MS/MS Spectrum
Tandem kitle spektrometresi kullanılarak elde edilen kütle spektrumu.
MSn
Çoklu aşamalı kütle spektrometresi deneyleri için sembol, ürün iyon spektrumlarını kaydetmek üzere tasarlanmıştır, burada n ürün iyon aşamalarıdır (n nesil ürün iyonları).
MudPIT – Multidimensional Protein Identification Technology
Proteinlerin ilk önce sindirildiği ve daha sonra güçlü katyon değişimi ve ters fazlı sıvı kromatografisi kombinasyonu ile ayrılarak, ardından kütle spektrometrisi analizi ile yapılan shotgun proteomik varyantı.
MRM – Multiple Reaction Monitoring
Seçilen reaksiyon izlemenin bir veya daha fazla prekürsör iyonundan çoklu ürün iyonlarına uygulanması.
Not: Bu terim, üç veya daha fazla aşamalı seçilen reaksiyon izleme sisteminin seri uygulamasını içeren ardışık reaksiyon izleme ile karıştırılmamalıdır.
m/z
Bir iyon kütlesinin birleşik atomik kütle birimine oranını yük sayısına (işaretten bağımsız olarak) bölünerek oluşan boyutsuz miktarı temsil eden kısaltma.
QIT – Quadrupole Ion Trap (Paul ion trap, QUISTOR – quadrupole ion storage trap)
İyon hareketi, Mathieu denkleminin uygun bir formu tarafından tanımlanan döngüsel bir yolla sınırlandırmak için, bir halka elektrot ile end-cap elektrod arasında radyo frekans potansiyellerinin uygulanmasına bağlı olan İyon yakalama cihazı.
QTOF – Quadrupole Time-of-Flight
Bir ortogonal hızlanma uöuş zamanı ölçen kütle spektrometresi ile birleştirilmiş aktarma kuadrupole kütle spektrometresinden oluşan hibrid kütle spektrometresi. Bir collision kuadrup kutusu tipik olarak iki kütle spektrometresi arasına sokulmuştur.
QCAT – Quantitation by Concatenated Tryptic Peptides
İzotop etiketli peptidleri vekil internal standartlar olarak kullanarak çoğaltılmış bir biçimde bir proteinin veya proteinlerin mutlak nicelikleri için yöntem. Etiketli peptidler, arzu edilen peptitlerin hepsini kodlayan bir genin sentezlenmesi, bu genin uygun şekilde etiketlenmiş substrat içeren E. coli kültüründe eksprese edilmesi ve istenen birleştirilmiş peptidlerden oluşan eksprese edilen proteinin tripsin ile sindirilmesiyle üretilir.
SIM – Selected Ion Monitoring
Bir veya daha fazla spesifik m / z değerinin iyonlarının bolluğunun tüm kütle spektrumu taraması yerine direkt kütle spektrometresi çalışmasıdır.
Ayrıca bkz. selected reaction monitoring (SRM).
SRM – Selected Reaction Monitoring
m/z’ye karşılık gelen bir veya daha fazla spesifik ürün iyonundan elde edilen veriler, iki veya daha fazla kütle spektrometresi aşaması vasıtasıyla kaydedilen öncü iyonlara kaydedilir.
SILAC – Stable Isotope Ratio Analysis of Amino Acids in Cell Culture
Bir hücre kültüründe etiketli amino asitlerle ve ayrı bir kültürde etiketsiz olanlarla elde edilen kararlı izotop etiketi kullanarak, kültürlenmiş hücre numuneleri arasındaki protein bolluğundaki farklılıkları tespit eden proteomik teknik.
SISCAPA – Stable Isotope Standards and Capture by Anti-Peptide Antibodies
İzotop etiketli peptidleri vekil internal standartlar olarak kullanarak çoğaltılmış bir biçimde bir proteinin veya proteinlerin mutlak nicelikleri için yöntem. Etiketli peptidler, arzu edilen peptitlerin her biri için kodlayan bir genin sentezlenmesi, hücrenin serbest transkripsiyonu ve bu genin 13C6-etiketli lisin içeren bir ortamda sentezlenmesi ve istenen birleştirilmiş peptidlerden oluşan eksprese edilen proteinin tripsin ile sindirilmesiyle üretilir. Düşük bolluklu proteinler için, antikor yakalama ile hedef peptidlerin seçici zenginleştirilmesi ile duyarlılık arttırılır.
TOF-MS – Time-Of-Flight Mass Spectrometer
Sabit bir hızlanma potansiyeli ile ivme kazanma sonrasında, serbest alanda moleküllerin düşmesi sonucu m / z ile iyonları ayıran kütle spektrometresi. Aynı başlangıç translasyon enerjisi ve farklı m / z değerleri, iyonların serbest bölgede belirli bir mesafeyi geçmek için farklı zamanlar gerektirmesi prensibine dayanır.
TIC – Total Ion Current
Tam bir kütle spektrumuna veya belirli bir kütle spektrumu m/z aralığına katkıda bulunan farklı m/z iyonlarıyla taşınan ayrı iyon akımlarının toplamı.
