Covid-19 Tanısında Uygulanan Analiz Yöntemleri
Covid-19 ile mücadelede tanı testleri oldukça önemlidir. Covid-19 tespit yöntemlerinde iki yaklaşım benimsenmiştir. Bunlardan ilki virüsün direkt kendisini, ikincisi ise virüse karşı bağışıklık sisteminin verdiği yanıtı algılamaya yöneliktir. Covid-19 tanı testlerini moleküler ve serolojik testler olmak üzere iki ana başlık altında inceleyebiliriz;
Bu testleri genel olarak şöyle tanımlayabiliriz;
| Moleküler Test | Antikor Bazlı Serolojik Test | Antijen Bazlı Serolojik Test | |
| Çalışma Şekli | Örnekte viral genetik materyalin varlığını tespit eder | Örnekteki anti viral antikorların varlığını tespit eder. | Örnekteki anti viral proteinlerin (antijenlerin) varlığını tespit eder. |
| Kullanılan Teknik | Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanılır. | ELISA yöntemi kullanılır, moleküller örnekteki antikorlara veya antijene bağlanır ve saptanabilir bir sinyal üretir. | ELISA yöntemi kullanılır, moleküller örnekteki antikorlara veya antijene bağlanır ve saptanabilir bir sinyal üretir. |
| En Yaygın Kullanım Nedeni | COVID-19 şüphesi olan kişilerin test edilmesi | Bir toplumdaki genel enfeksiyon ve bağışıklık oranlarını değerlendirme | COVID-19 şüphesi olan kişilerin test edilmesi |
| Test Sonucu Pozitif İse | Mevcut SARS-CoV-2 enfeksiyonunu onaylar. | Yakın bir zaman önce ya da geçmişte geçirilen enfeksiyonu ya da şu an geçirilmekte olan mevcut enfeksiyonu gösterir. | SARS-CoV-2 enfeksiyonunu onaylar. |
(Kaynak: Tübitak Bilim ve Teknik Dergisi Mayıs 2020, Sayfa 18)
1- Moleküler Test;
Moleküler testler; PCR, Single-molecule Assay, Western Blot, CRISPR, TRAP Assay, Cross-linking, ChIP-seq, In Situ Hybridization, Recombinant Protein Expression, Inverse PCR, High-Throughput Sequencing gibi birçok farklı yöntemi içermektedir.
PCR kendi içinde; Real-time PCR, Reverse Transcription PCR, Quantitative Reverse Transcription PCR, Colony PCR, Colony PCR, Nested PCR, Multiplex PCR, Overlap Extension PCR, cDNA Amplification, Inverse PCR, Error-prone PCR gibi çeşitli uygulama yöntemlerine sahiptir. Bu yöntemlerden hangisinin uygulanacağı numunenin niteliğine göre belirlenir.
Şu an gerek virüsün yapısına uygunluğu, gerekse uygulama kolaylığı, hızlı ve güvenilir sonuç vermesi bakımından Covid-19 tespitinde en yaygın kullanılan yöntem moleküler test olan PCR yöntemidir. PCR terimi, Polimeraz Zincir Reaksiyonu (Polymerase Chain Reaction) kelimelerinin kısaltılması ile türetilmiştir
Covid-19 tanısında PCR yöntemi kullanılarak nükleik asit amplifikasyonu ile viral RNA tanımlanır. SARS-CoV-2 virusu için nükleik asit amplifikasyon testleri (NAAT) COVID-19 olgularının rutin doğrulaması gerçek- zamanlı reverse transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu (rRT-PCR) gibi bir NAAT testi ile virus RNA’sının özgül dizilerinin saptanması ve gerekli olduğunda nükleik asit dizi analizi yöntemi ile doğrulanması temeline dayanmaktadır.
Moleküler tes yapılrken en önemli ve ilk adım doğru örnek alınmasıdır. Örneği alırken kontaminasyondan kaçınılmalıdır.
Örnek genellikle sürüntü şeklinde boğazın hemen arkasındaki boşluktan (nazofarenks ve/veya orofarenks) alınır. Örnek alma işleminin ardından örnek çubukları örnekten viral RNA’yı ayırmak için bir çözeltiye daldırılır. Çözeltiye aktarılan viral RNA bu çözeltiden özütlenir ve ters PCR tekniği ile çoğaltılır. Çoğaltılma işleminde çoğaltılması hedeflenen RNA önce ters transkriptaz enzimi ile tamamlayıcı DNA’ya dönüştürülür ve ardından standart PCR ile çoğaltma işlemi uygulanır. PCR ile ilgili daha detalyı bilgiye “PCR Tekniği ve PCR Çeşitleri” yazımızdan ulaşabilirsiniz.
2- Serolojik Test;
Serolojik testler kandaki antikorları arayan kan testleridir. Bir dizi laboratuvar tekniği içerebilirler. Çeşitli hastalık durumlarını teşhis etmek için farklı tiplerde serolojik testler kullanılır. Bağışıklık sistemi antikor üreterek antijenlere karşı savunma yapar. Bu antikorlar, antijenlere bağlanan ve onları deaktive eden parçacıklardır.
Antikor bazlı serolojik yöntemler bağışıklık sisteminin virüse karşı verdiği tepkiyi algılamaya yönelik testlerdir. Bu testler kanda uygulanır ve kandaki IgM, IgA, IgG veya toplam antikorlar tespit edilir.
İn vitro antijen-antikor reaksiyonlarını gözlemlemek için yaygın olarak agregasyon (agglutination), presipitasyon/çökelme (precipitation), kompleman fiksasyon (complement-fixation), ELISA (enzyme-linked immunosorbant assay), radioimmunoassay (RAI) radyoaktif bağ tekniği (radioactive binding techniques), immunofluorescence (IFA), immunosorbent elektron mikroskopi (ISEM) ve floresans antikor tekniği (fluorescent antibody technique) kullanılır.
Covid-19 ile mücadelede yaygın olarak ELISA yöntemi kullanılır. Bu yöntemde moleküller örnekteki antikorlara veya antijene bağlanır ve saptanabilir bir sinyal üretir.
Ayrıca antikor testi enfeksiyonu saptamak için PCR testlerinin hassasiyetlerini tespit etmek amacıyla araştırma ve geliştirme çalışmalarında kullanılır. Bununla birlikte pandeminin kapsamının gerçekte ne olduğunu belirlemek ve vaka ölüm oranını da içeren istatistiklerin hesaplamasında yardımcı olabilir.
Orhan ÇAKAN
Kaynaklar;
1- Tübitak Bilim Teknik Dergisi Mayıs 2020, sayfa 17-18
2-https://covid19bilgi.saglik.gov.tr/depo/rehberler/COVID-19_Rehberi.pdf?type=file
3- www.mikrobiyoloji.org/pdf/702110204.pdf
